Ayato Kamina, 17 ans, est lycéen à Tokyo où travaille sa mère. Sa vie, en apparence banale, va basculer le jour où il fera la connaissance de la mystérieuse Reika Mishima. Cette dernière le guidera jusqu'à Xephon, un mecha gigantesque, auquel Ayato a toujours été lié sans le savoir. Peu après, ...